一、当前事业单位预算管理存在的问题
（一）预算程序上存在的问题
预算管理意识薄弱，对编制预算的重要性认识不足。预算管理部门在编制预算时，从事业单位的领导到员工，都没有建立科学的预算管理体制的意识，简单地为获取预算结果而编制预算。编制开始晚、用时短，编制时间往往在一个月左右，因而没有足够条件对预算项目进行必要的规划、调研，论证，也没有将预算编制和经济预测很好地结合起来，同时预算编制部门也没有调动各个职能部门积极参与预算，过分仓促和盲目导致其结果缺乏可信性、预见性和前瞻性。
（二）预算编制过程中存在的问题
预算编制方法不规范，不科学，不利于优化支出结构。事业单位预算管理体制改革要求“零基预算”作为预算编制的方法，目的在于消除以往预算结果对今年预算情况的影响，零基预算的优势在于依据部门和单位的职责、任务，目标以及实际的需要和实际的情况，结合现有的财力物力来编制新的预算，与滚动预算相比更加切合实际。但由于信息不对称，大多数申报部门在预算过程中往往就在往年预算基础上加上一个适当的百分比，导致预算结果脱离实际情况，造成了财政资金的巨大浪费和闲置，制约了财政对经济结构和布局的宏观调控。
另外，预算编制项目和内容不全面。随着经济体制改革的深入，大部分事业单位已经不再单纯地依靠国家预算内资金的拨付，经营收入也是其资金收入的重要来源，单独考虑预算内资金不能真实地反映单位的收支状况和运营效率，据此编制的财务预算也就逐渐失去其经济意义。
（三）预算控制机制存在的问题
总体来说，我国目前预算管理缺乏健全的控制机制。虽然我国事业单位预算管理制度已经取得了一些成就，但由于我国行政事业单位以社会整体效益为重、较少关注经营效益，也未建立一套相对完善的预算执行，监督和考核制度，预算执行结果未与经济责任人的经济责任和激励机制挂钩，预算执行存在约束力不强，资源利用效率差，单位管理水平很低等问题。主要表现在：
首先在预算编制过程中，对预算内容、标准、支出范围随意性较大，临时性、计划外支出不能受到预算制度有效约束。
其次是预算执行中，经费支出管理缺乏行之有效的监督机制，单位在实际进行日常收支活动时，根本不按照编制的预算执行，预算外资金与预算内资金相脱节、实际执行情况和预算制度规定严重脱节，各类经费之间的划分标准不清晰、不统一，定额管理不规范，难以形成准确的资金分配的基础数据支持。相关人员随意改动项目内容，提高费用标准、扩大支出范围等现象频频发生，助长了贪污腐败行为，严重制约着单位预算管理工作质量的提高。
最后是预算执行结果也缺乏严格的考核和评价机制。从目前事业单位整体情况莱看，支出预算分配模式仍停留在粗放型水平，支出管理上与监督考核方面缺乏行之有效的约束机制和激励机制。同时经费使用效率和社会效益也缺乏系统考核机制，继而增加了经费使用的随意性，造成巨大的资源浪费。
二、加强事业单位预算管理的对策
（一）增强预算管理重要性意识，科学，合理．规范地编制责任预算
首先，提高预算管理的认识是推行预算管理的前提和基础。要清楚地认识到实行预算管理是建立自我控制、自我约束、自我发展的良好机制和有效办法，作为一个具有战略意义的系统工程，强化事业单位预算管理，能从总体上提高效益、优化财政资源配置，应该给予足够的重视。
其次，安排充足的预算编制时间，提高预算编制质量。预算编制是个全面系统的工程、它要掌握单位本身各个方面的情况，保证充足合理的时间是其基本要求。单位在编制预算时，要早动手、早安排，前期要进行深入细致地分析研究论证，确立一些适合预算编制所需要的综合指标、定额指标，具体编制时依照统筹兼顾、确保重点的原则，综合考虑国家预算拨付和经营性收入，制定出一个符合单位发展前景，切实可行的年度收支预算。
再次，摒弃传统的“基数预算”全面推行“零基预算”。其优点在于：在综合考虑内外部因素、历史和未来因素的影响基础上，实事要求是地掌握人员情况、业务发展需要，并以此为基础，确定人员，业务经费水平。以提高效益为目标，科学预测经济发展变化，编制具有可信性、预见性、前瞻性的预算。
（二）加强预算执行监督，尤其是对资金使用情况进行监督
预算的编制最终是要落实到预算的执行上来，而预算的贯彻执行离不开预算监督和考核。《预算法》是规范事业单位收支管理工作的根本性法规，事业单位预算一经审核批准，就必须严格遵照执行。
加强预算执行监督，重点是对资金使用情况进行执行监督。对资金使用过程进行监督，除了依靠单位财务部门的力量外，还要制定相应的内部制约监督机制让业务主办部门，单位内部控制、外部审计等参与到资金使用监督活动中来，对资金使用的各个环节进行全过程、多角度的监督，做到对资金使用过程监督有人力保障，有制度约束，从而保证了资金的合理使用和有效配置，其次是对监督资金使用效益的监督，健全规范资金使用效益的分析制度。各单位要对事业经费资金支出结构中的人员经费、公用经费等项目进行定期分析。通过分析可以计算出事业单位人员支出与公用经费支出占所占的比率。按照统筹兼顾、确保重点的原则，集中关注开支数额较大的费用的用途是否与预算安排的重点支出相符，通过对比分析，对存在的较大问题的资金支出要彻底查明原因并采取有效措施加以解决。
（三）建立预算考核制度，建立起预算执行单位、部门、员工之间的利益激励机制
预算考核是预算管理的重要组成部分。各级财政机关是事业单位预算管理的主管部门。财政部门不但要负责各基层事业单位预算的审批、分配环节，同时更重要的是对事业单位的预算执行情况进行严格的事后监督考核的管理。健全完善检查监督考核制度，确保预算管理的严肃性，目的是使预算目标真正落到实处。
事业单位应该根据目标分级考核的原则，建立绩效评价指标体系，设立定性指标与定量指标、财务指标与非财务指标相结合的考核体系，应尽可能地把各个部门的主要预算考核指标也纳入进来，以便使预算考核与部门业绩考核相结合。并根据内部审计部门出具的预算执行情况审计报告，定期对预算执行者、员工和部门进行考核。首先要对项目具体执行行为和各有关责任人实施有效制约和监督。其次是必须制定严格的预算考核办法，建立起预算执行单位与部门、员工之间的利益激励机制，强调结果与薪酬计划挂钩，依据各责任部门对预算的执行结果，遵照指标考核体系，实施绩效考核，可以按月度、季度、年度定期进行，对于执行的结果要体现公正、奖罚分明，从而使员工、部门、单位形成责、权、利相统一的共同体，最大限度地调动员工的积极性和创造性。
随着我国市场化进程的加快，现代企业制度的建立，事业单位体制改革也不断深入，事业单位的预算管理要想适应广泛的市场经济需要，必须改变现有预算工作的模式，从原来的粗放式管理转变到注重运用健全有效的内部控制手段，在管理方法、程序、层次上更能适应新形势下预算体系发展的需要，促进事业单位在保障公共服务的同时面向市场，提高自我竞争力。
